El CPAN organiza anualmente unas jornadas donde las comunidades españolas de física de partículas, física de astropartículas, física nuclear y física teórica se encuentran y discuten sobre su situación y su prospectiva. Su formato consiste en conferencias invitadas y presentaciones de carácter científico sobre las diferentes líneas de actividad. Asimismo, las Jornadas acogen las reuniones de las diferentes redes y sesiones paralelas de discusión de las cuatro áreas del CPAN, con el objeto de potenciar la cooperación de los grupos españoles de investigación y articular de forma conjunta las líneas prioritarias de actuación. Se han realizado 7 ediciones:
Segovia, del 1 al 3 de diciembre de 2015
Se celebraron en Sevilla, del 20 al 22 de octubre de 2014
Se celebraron en Santiago de Compostela, del 25 al 27 de noviembre de 2013
Se celebraron en Granada, del 26 al 28 de noviembre de 2012
Se celebraron en Barcelona, del 2 al 4 de noviembre de 2011.
Se celebraron en Valencia, del 29 de noviembre al 1 de diciembre de 2010.
Se celebraron en El Escorial, Madrid, del 25 al 27 de noviembre de 2009.